市境内生物资源十分丰富，植物资源种类繁多、层次分明，可分为南、中、北三大亚热带自然林带，全市共有野生种子植物187科（被子植物181科、裸子植物6科）946属（被子植物937属、裸子植物9属）3085种（被子植物3063种、裸子植物22种）。其中：列入《国家重点保护野生植物名录》（第一批）的有42种1变种，其中，Ⅰ级重点保护植物5种1变种，Ⅱ级重点保护植物37种。列入《中国红皮书》的有34种，其中，濒危级11种、渐危级9种、稀有级14种。列入《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录Ⅰ、Ⅱ的有170种，其中，附录Ⅰ4种、附录Ⅱ166种。省级重点保护野生植物共25种。分布食用植物资源有145种，药用植物700种，食用菌45种。尤其是举世无双的国药瑰宝——文山三七名扬四海，种植面积、产量、产值均居全国第一，被国家农业部命名为“中国三七之乡”。2010年生产收购烟叶18.5万担,实现烟农收入1.32亿元，创税2908万元；完成投资6721.94万元，建成受益面积达3.75万亩的基本烟田水利工程和受益面积1.4万亩的卧式密集型烤房700座。辣椒在近年发展成为继三七、烤烟后的主要经济作物，种植面积、总产量均有突破；其他主要经济作物还有甘蔗、马芽花、蔬菜、油菜、花生、马铃薯、生姜、向日葵、六谷、山药、半夏、人生果等。此外，文山花卉品种众多，其中文山兰花最为有名，文山红柱兰曾荣获第二届中国兰花博览会金奖；文山大雪兰是云南名贵兰花之一；文山墨兰（老山兰）在国内闻名遐迩。文山独特的地形气候和丰富多样的植被分布，有利于动物种群的繁衍生长。据统计，全市共有哺乳类动物9目29科60属86种。其中：列为国家Ⅰ级重点保护8种，国家Ⅱ级重点保护12种；列为云南省Ⅰ级保护5种，云南省Ⅱ级保护15种；列入《中国红皮书》的有22种，其中，濒危级6种、易危级16种；列入《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录Ⅰ、Ⅱ的有20种（附录Ⅰ8种、附录Ⅱ12种）。鸟类共有13目37科221种，其中：列为国家Ⅱ级重点保护20种；列入《中国红皮书》的有13种，其中，濒危级7种、易危级5种，1种为未定种。两栖类共有2目8科另2亚科15属42种。爬行类共有3目14科41属50种，其中：列为国家Ⅰ级重点保护1种，国家Ⅱ级重点保护3种；列入《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录Ⅰ、Ⅱ的有2种（附录Ⅰ1种、附录Ⅱ1种）。鱼类共有4目15科44属60种。昆虫类共有11目75科222种，益虫61种。文山市是名副其实的“植物王国”和天然物种“基因库”。

洒卡原始森林

古树参天